A IENH sempre está presente em olimpíadas e competições escolares de Futsal. O esporte é ofertado para alunos do Ensino Fundamental.
O Voleibol é um esporte de tradição na Instituição. Nas Unidades Pindorama e Oswaldo Cruz os alunos jogam o minivoleibol, que é oferecido como método de aprendizagem. O resultado desse trabalho é o ingresso de vários alunos do minivoleibol nas equipes da Unidade Fundação Evangélica e em clubes da Seleção Gaúcha e Brasileira.
O Basquetebol foi um dos últimos esportes a serem integrados na IENH, mas sua importância cresceu demonstrando a consolidação do trabalho realizado desde as escolinhas nas Unidades Pindorama e Oswaldo Cruz. Com o desenvolvimento do esporte desde a base, a modalidade se fortalece cada vez mais e conquista importantes resultados.
Na IENH, a natação é oferecida desde 1999 na Unidade Pindorama, sendo trabalhada com alunos de diferentes faixas etárias, desde criança até a idade adulta. A natação é considerada um esporte completo, já que estimula o trabalho de toda a musculatura do corpo, além de aumentar a resistência física e pulmonar e trabalhar a coordenação motora. A Instituição oferece as seguintes atividades aquáticas: Natação Bebê, Infantil, Adulto e Família, Nado Sincronizado, Biribol e Hidroginástica.
Em relação ao atletismo, atualmente, a IENH possui uma equipe com cerca de quarenta atletas distribuídos em cinco categorias nos naipes masculino e feminino. A equipe é reconhecida no cenário gaúcho devido aos atletas que forma e suas conquistas. A IENH também desenvolve um trabalho social no esporte desde 2008, por meio do Programa Corrida pela Cidadania. São cerca de 180 crianças e adolescentes da Rede Municipal de Ensino que recebem atendimento duas vezes por semana, com o apoio da Prefeitura Municipal de Novo Hamburgo. Nas aulas, as crianças desenvolvem um conjunto de práticas esportivas, possibilitando seu crescimento de forma saudável a partir do esporte.
A IENH ainda oferece opções de esportes como judô e tênis.